Järvi kuuluu valtakunnalliseen lintuvesien suojeluohjelmaan, ja Lounais-Suomen ympäristökeskuksen päätös turvaa järven luonnonarvot nimenomaan lintuvetenä.
Sirppujoen latva-alueelle sijoittuva Kivijärvi on erityisen merkittävä vesilinnuille. Siellä pesivät muun muassa mustakurkku-uikku, härkälintu, laulujoutsen, haapana ja lapasorsa. Suojelualueeseen kuuluu koko Kivijärvi, eli noin 95 hehtaaria.

Suojelusuunnitelmista järjestettiin keskustelutilaisuus syksyllä. Maanomistajien muistutusten perusteella Kivijärven suojelualueen rajoja ja määräyksiä tarkistettiin.
- Osa muistutuksista sisälsi kuitenkin sellaisia asioita, joihin tällä päätöksellä ei edes voida vaikuttaa, huomauttaa tarkastaja Maria-Leena Lamminen Lounais-Suomen ympäristökeskuksesta.
Hyväksytyissä rauhoitusmääräyksissä ei rajoiteta metsästystä eikä nykyisten ojien tai veneilyrakenteiden käyttöä ja ylläpitoa.

Uusia rakennuksia tai teitä alueelle ei saa rakentaa. Rantapuuston käyttö ja kaislan leikkuu on sen sijaan edelleen sallittua. Rauhoitusmääräykset eivät vaikuta suojelualueen ulkopuoliseen maankäyttöön.
Lounais-Suomen ympäristökeskuksen alueella suojeltiin viime vuonna noin 1 600 hehtaaria lintuvesiä.
Valtioneuvoston vuonna 1982 hyväksymästä lintuvesien suojeluohjelmasta on toteuttamatta vielä noin 5 300 ha ja kaikista toteutettavista luonnonsuojeluohjelmista noin 15 000 hehtaaria.
Ohjelmat toteutetaan kokonaan vuoden 2009 loppuun mennessä.