Lounais-Suomen ympäristökeskus on tehnyt päätökset kolmen luonnonsuojelualueen perustamisesta Vakka-Suomeen.  Rauhoitusmääräyksillä turvataan nykyisten väylien ja rakenteiden käyttö ja ylläpito, mutta kielletään sellaiset uudet toimenpiteet, jotka saattaisivat vaarantaa lintuvesien suojelun toteutumisen. Tällaisia toimenpiteitä ovat mm. uusien väylien ruoppaus ja rakenteiden rakentaminen. Rauhoitusmääräykset eivät rajoita maankäyttöä suojelualueiden ulkopuolella. Kohteet kuuluvat valtioneuvoston 3.6.1982 hyväksymään lintuvesiensuojeluohjelmaan.

Lokakuun alkupuolella järjestettiin Laitilassa ja Kustavissa keskustelutilaisuudet, jotka oli tarkoitettu asianosaisille ja muille asiasta kiinnostuneille. Tilaisuuksissa esitettiin mielipiteitä ja käytiin keskustelua suojeluun liittyvistä asioista. Ennen päätösten tekemistä varattiin alueen maanomistajille ja kunnille mahdollisuus ilmaista mielipiteensä suojelualueiden rajauksista ja rauhoitusmääräyksistä.  Muistutuksia jätettiin kolmessa kohteessa yhteensä 28 kpl. Muistutusten ja kannanottojen perusteella tehtiin tarkistuksia rajauksiin ja rauhoitusmääräyksiin.

Perustetut luonnonsuojelualueet

Lellaistenlahti,  Kustavi
Kustavin pääsaaren koillisosassa sijaitsevan Lellaistenlahden suojelu on osin jo aiemmin toteutettu. Nyt perustettu alue muodostaa yhdessä vanhojen alueiden kanssa merkittävän kokonaisuuden, jonka suojelu luonnon monimuotoisuuden säilyttämisen kannalta on tarpeellista. Lellaistenlahti on maisemallisesti luonnonkaunis, sokkeloisten ja matalien lahtien ja pikkusaarten muodostama tyypillinen välisaaristoalue, jonka luontoarvot ovat edustavat. Muuttoaikoina lahdelle kertyy huomattavia määriä vesilintuja, kuten kyhmy- ja laulujoutsenia, isokoskeloita, tukka-, puna- ja lapasotkia sekä uiveloita.

Laupuksensalmi, Kustavi
Laupuksensalmi sijaitsee Kustavin pääsaaren eteläosassa. Se on fladavaiheesta kluuvijärveksi muuttumassa oleva merenlahden ja järven välimuoto.  Laupuksensalmen linnustollinen arvo on merkittävä. Linnusto on monipuolinen ja edustava erityisesti vesilintujen osalta. Alueella pesivät mm. heinätavi, haapana ja lapasorsa.

Kivijärvi, Laitila
Sirppujoen latvoilla lähellä Euran kunnan rajaa sijaitseva Kivijärvi muodostaa yhdessä valtion omistuksessa olevan Malijärven kanssa linnustollisesti arvokkaan kokonaisuuden. Edustavin ryhmä Kivijärvellä ovat vesilinnut. Alueella tavataan pesivänä vesilinnuista mm. mustakurkku-uikku, härkälintu, laulujoutsen, haapana, lapasorsa ja ajoittain myös heinätavi.

Myös maanomistajien aloitteesta perustettiin useita suojelualueita
Suojeluohjelmat ja Natura-alueet toteutetaan vuoden 2009 loppuun mennessä

Lounais-Suomen ympäristökeskuksen aloitteesta perustettiin vuonna 2006 viisi muuta lintuvesien suojeluohjelmaan kuuluvaa luonnonsuojelualuetta edellä mainittujen lisäksi: Aneriojärvi Suomusjärvellä, Inhottujärven itäosa Noormarkussa, Poosjärvi Noormarkussa ja Pomarkussa,  Pyhäjärvi Ulvilassa sekä Suomijärvi Karviassa.

Myös maanomistajien aloitteesta perustettiin useita yksittäisiä tiloja koskevia luonnonsuojelualueita Lounais-Suomen lintuvesille. Yhteensä lintuvesiä suojeltiin vuonna 2006 noin 1600 ha. Lintuvesien osuus kaikista Lounais-Suomen ympäristökeskuksen vuonna 2006 suojelemista 2700 hehtaarista oli yli 50 %. Lintuvesienohjelmasta on toteuttamatta vielä noin 5300 ha ja kaikista toteutettavista luonnonsuojeluohjelmista noin 15 000 ha.