Selkämeren kansallispuiston perustamissuunnitelmat eivät muuta Rauman kaupungin omistamien metsien hoito- ja hakkuusuunnitelmia. Metsien hallinnosta vastaava kaupungin tekninen lautakunta esittää valtuuston hyväksyttäväksi vuoteen 2015 ulottuvaa metsienhoito-ohjelmaa, joka merkitsee talousmetsien hoidon ja hakkuiden jatkumista pääsääntöisesti ennallaan.