Vuosi 2006 oli ennätysvuosi luonnonsuojeluohjelmien toteuttamisessa Länsi-Suomen ympäristökeskuksen alueella, sillä niitä toteutettiin yhteensä 5 550 hehtaaria. Toteuttaminen koskee maa-alueita sekä lintuvesien- ja soidensuojeluohjelma-alueiden vesialueita, jonka lisäksi suurin osa toteutetuista alueista kuuluu myös Natura 2000 -verkostoon. Määrärahoja luonnonsuojelun toteuttamiseen käytettiin ympäristökeskuksen alueella yhteensä noin 7,5 milj. euroa.

Eniten toteutettiin rantojen-, soiden- ja lintuvesiensuojeluohjelma-alueita. Maakunnittain luonnonsuojelun toteutus jakaantui seuraavasti: Etelä-Pohjanmaa 1 231 ha, Pohjanmaa 3 770 ha ja Keski-Pohjanmaa 550 ha.

Luonnonsuojelualueita hankittiin yhteistyössä Metsähallituksen kanssa yhteensä 1 957 ha, joista kauppoja oli 1 304 ha, lunastuksia 98 ha ja vaihtokauppoja 554 ha. Suurin yksittäinen kauppa tehtiin Keski-Pohjanmaalla Kälviän kunnassa. Kyseisen soidensuojeluohjelmaan kuuluvan alueen pinta-ala on 284 ha. Hankintojen lisäksi yksityismaita rauhoitettiin 3 545 ha. Merkittävin rauhoituspäätös tehtiin Merenkurkun saariston rantojensuojeluohjelma-alueella (1 364 ha, Mustasaari).

Vuonna 2006 hankeuusjaot jatkuivat edellisen kahden vuoden tapaan. Hankeuusjako-toimituksissa Maanmittauslaitoksen toimitusmiehet esittävät arvionsa suojelualueiden käyvästä hinnasta tiloittain. Näiden hinta-arvioiden perusteella ympäristökeskus ja Metsähallitus tekevät vapaaehtoisia kauppoja ja tilusvaihtoja maanomistajien kanssa. Vuonna 2004 aloitetuista 30 toimituksesta on saatu päätökseen kuluneina vuosina yhteensä 22 ja loput tullaan päättämään vuoden 2007 aikana. Hankeuusjakoalueilta toteutui vuonna 2006 yhteensä 1 370 hehtaaria, joista suurin osa soidensuojelukohteita. Pinta-alallisesti eniten toteutettiin Haapakeitaan (228 ha, Isojoki) ja Mesmossenin (146 ha, Uusikaarlepyy) alueilla.

Yksityisten maanomistajien lisäksi luonnonsuojeluohjelmien toteuttaminen koskee myös mm. kaupunkeja, kuntia ja seurakuntia. Vuoden 2006 suurin tällainen kauppa tehtiin Seinäjoen kaupungin kanssa, kun valtiolle hankittiin yhteensä 243 hehtaaria Nurmon Suppelonnevalta (Natura 2000 - ja soidensuojeluohjelma-alue). Toinen huomattava kauppa (115 ha) tehtiin Uudenkaarlepyyn kaupungin kanssa. Kaupan kohde sijaitsee Lapuanjokisuiston-Bådavikenin Natura 2000 -alueella (Uusikaarlepyy) ja on myös linnuston suojelukohde.

Vuonna 2006 osakaskuntien kanssa käytyjen neuvottelujen pohjalta tehtiin luonnon-suojeluohjelmiin kuuluvista yhteisistä alueista 20 rauhoituspäätöstä. Merkittäviä rau-hoituspäätöksiä tehtiin Merenkurkun saariston lisäksi mm. seuraavilla lintuvesialueilla: Södra Stadsfjärden-Söderfjärden-Öjen (195 ha, Mustasaari) ja Lappväärtin kosteikot (605 ha, Kristiinankaupunki).