Valtakunnallisten luonnonsuojeluohjelmien toteuttaminen yksityismailla on loppusuoralla. Korvausneuvottelut maanomistajien kanssa on tarkoitus saada loppuun lähes koko maassa kahden vuoden kuluessa.

Suojeluohjelmia on toteutettu vuodesta 1996 lähtien rahoitusohjelmalla, joka jatkuu vielä vuoteen 2009 saakka. Ohjelman rahoitukseen on varattu yhteensä 575 miljoonaa euroa. Tähän mennessä noin 292 000 hehtaaria yksityismaita on saatu suojelun piiriin. Toteuttamatta on vielä noin 60 000 hehtaaria ja lisäksi joitakin yhtiöiden omistamia alueita, joita on varauduttu toteuttamaan vielä vuoden 2009 jälkeen.

Luonnonsuojeluohjelmiin ja Natura 2000 -verkostoon  kuuluvia alueita toteutettiin vuonna 2006 koko maassa yhteensä 20 781 hehtaaria. Niistä maksettiin korvauksia noin 23 miljoonaa euroa. Suojelu painottui lintuvesialueille. Myös suoalueita ja arvokkaita ranta-alueita saatiin suojeluun.

Yksityisten omistukseen jääviä luonnonsuojelulain mukaisia suojelualueita perustettiin 13 601 hehtaaria ja valtion omistukseen hankittiin 7 180 hehtaaria.

Lisäksi jatkettiin Etelä-Suomen metsien monimuotoisuusohjelmaan kuuluvien kokeiluhankkeiden toteuttamista maanomistajilta tulleiden tarjousten pohjalta. Luonnonarvokaupalla, tarjouskilpailulla ja metsien suojeluun korvamerkityllä maanhankintarahalla suojeltiin yhteensä noin 1 900 hehtaaria ja suojeluun käytettiin lähes 6,5 miljoonaa euroa. Kokeiluhankkeet toteutettiin alueellisten ympäristökeskusten, metsäkeskusten ja Metsähallituksen yhteistyönä.

Syksyn 2006 aikana maanomistajat tekivät tarjouksia metsiensä suojelusta runsaasti, ja suojeluhalukkuus vuonna 2007 saattaa ylittää käytettävissä olevien varojen mahdollisuudet.